Kehidupan Sehari-hari di Chiba dan Tokyo


Setelah memikirkan cukup lama, beberapa pikiran tentang membuat banyak postingan telah menjadi sesuatu yang wajar, namun masih belum dapat memberikan manfaat langsung baik bagi diri ataupun pembaca. Mungkin saya membuat format baru dengan up date hal menarik tiap harinya, hikmah, atau ilmu yang dapat diperoleh selama di Tokyo. Bismillah.

14 Februari 2020

Betapapun meyakinkannya pikiran kita, alam dengan izin-Nya, selalu menunjukkan atau mematahkannya dengan mudah. Oleh karenanya, berfikir dan merenung akan jadi jalan untuk “berilmu” dan “beramal”. Amalan hati, amalah tangan, amalan kaki, amalan fikiran. (Pramono, 2020)

Orang Tokyo bisa jadi menjelaskan sesuatu dengan sangat cepat, dengan bahasa Jepang. Perlu konfirmasi, keterbukaan, dan jangan menganggap orang lain atau diri kita tahu. Harus sama-sama tahu dan paham. Jangan sampai ada miscom (miscommunication/ Gokai/ 誤解). (Pramono, 2020)

15 Februari 2020

Mengikuti pengajian di Chiba. Sesungguhnya, di Jepang, kajian-kajian islam amatlah banyak. Saya kira, ilmu itu memang harus di datangi, baik dengan mudah ataupun payah. Terkadang, menghemat uang lebih buruk daripada satu kata bermakna dari kajian keilmuan

Jadilah orang yang zuhud, yaitu yang menerima kebenaran, dan merendahkan hari di hadapan manusia. Zuhud meninggikan, sombong merendahkan dirimu” ust Fata Fahmi, Kajian Islam Todai Muslim (KAIT, 2020)

16 Februari 2020

Chiba dan Tokyo hujan, rintik dan merata. Toko Gyomu Supa adalah salah satu tujuan hari ini. Membeli beras 10 kg lebih murah daripada 5 kg, dan lebih murah daripada kemalasan.

Ilmuwan adalah mereka yang menghargai ilmu, guru dan kerabat beliau, teman seperjuangan, buku pelajaran, dan menjauhkan diri dari sifat sombong dan kebiasaan-kebiasaan buruk (dari buku cara belajar dan mengajar)

17 Februari 2020

Hari ini ada fun run dan diskusi dengan Sandiaga Uno di kedubes RI. Ada banyak kegiatan yang jarang ditemui di tanah air. Namun, kegiatan terbaik adalah mencari ilmu.

Ilmu bukanlah sesuatu yang dihafal oleh lidah, diingat-ingat di kepala,dan diperdebatkan. Ilmu adalah cahaya yang menghantarkan pada tunduk patuh pada-Nya. Bila suatu media, diskusi, penelitian, ruang kelas diisi dengan kesombongan dan dunia semata, bukan ilmu namanya. Memilih adalah jalan terbaik yang bisa kita ambil.

Bagian tak terpisahkan dari kehidupan di Tokyo dan Chiba adalah tagihan gas, listrik, air, limbah, asuransi, dan pensiun. Untuk penerima beasiswa, pembayaran pensiun bisa di-nol-kan asal ke Shiyakusho/Kuyakusho mengajukan menjou (exemption), untuk asuransi bisa mengajukan keringanan, untuk limbah, air, listrik, dan gas tidak ada cara lain selain “menghemat”. Menghemat bukan karena kita tidak mampu, tapi karena yakin menghemat ada pahalanya dari-Nya. Berlebih-lebihan bukanlah sikap yang baik selama hidup di dunia.

18 Februari 2020

Di Tokyo, tempat wisata keluarga yang gratis ada banyak seperti Ueno Koen, Yoyogi Koen, Shibuya, Akihabara,dll. Cukup menyiapkan tiket keretanya.

Di chiba, banyak tempat yang saya sukai: jalan-jalan kuno, rumah tua, kebun, hutan bambu, lapangan Ume dan sakura. Semuanya terhitung gratis. Bagi saya, bersama dengan teman dan keluarga adalah lebih utama. Entah di rumah atau di twmpat wisata.

19 Februari 2020

Pada setiap hari, ada pelajaran berharga. Hari ini mengajarkan saya untuk bersabar bila apa yang kita cari tidak ditemui. Dan tentunya, bila sehat yang kita cari namun sakit yang kita dapat, ini harus diiringi lagi dengan sabar.

20 Februari 2020

Berangkat ke lab tanpa tahu apa yang akan dikerjakan. Hanya niat untuk mencari ilmu dan keridhaan-Nya yang sering menyadarkan betapa kotornya hati dan niat ini. Hati harusnya lurus mencari ridha-Nya, niat juga harus lurus karena-Nya. Bukan dunia yang sudah pasti dijamin oleh-Nya.

24 Februari 2020

Bila sakit di Jepang, banyak yang langsung datang ke klinik. Mayoritas adalah kaze atau masuk angin. Bedanya, di sini tidak dikerokin, tapi diberi antibiotik. Kaze adalah istilah umum untuk pilek dan infeksi saluran petnafasan. Bisa jadi karena bakteri atau virus. Dan ini biasanya musiman, pergantian musim.

Saat sakit, dosa berkurang, atau karena banyaknya dosa. Waktu terbaik untuk mengetahui apa isi hati kita.

#365HariCeritaJurnal


Baiklah, ini diinspirasi oleh #365DaysOfScience, yang menargetkan untuk melaporkan apa yang dibaca dan memberikan sharing. Namun, saya memodifikasinya karena dari apa yang diceritakan di sana masih seputar artikel tanpa ada ceritanya. Di blog ini, saya mulai hari ini untuk menceritakan #365DaysOfScienceStory.

Namun, secara kronologis saya akan menceritakan terlebih dahulu apa yang melatarbelakanginya.

September 2017— mulai korespondensi dengan Mas Prima, U Tokyo

Awal 2018— korespondensi dengan sensei

April 2018— Apply MEXT

April 2019— Research Student The University of Tokyo

Agustus 2019— Menyelesaikan kursus Bahasa Jepang di Nihongo Center, The University of Tokyo

Februari 2020 — Ujian Masuk program Doktoral The University of Tokyo

13 Februari 2020 — Watve, M. G., Tickoo, R., Jog, M. M., & Bhole, B. D. (2001). How many antibiotics are produced by the genus Streptomyces? Archives of Microbiology, 176(5), 386–390. https://doi.org/10.1007/s002030100345 “prediksi matematis tentang temuan metabolit sekunder dari Streptomyces sp, diprediksi tahun 1997 selesai, realitas masih berjalan sampai saat ini”

13 Februari 2020 — Ketemu dengan sensei untuk menanyakan beberapa hal terkait seleksi. Diminta mempersiapkan proposal untuk PhD, mungkin pertanda baik, mungkin juga tidak baik. Memilih tetap mengambil langkah positif.

14 Februari 2020

Miyazawa, T., Hirsch, M., Zhang, Z., & Keatinge-Clay, A. T. (2020). An in vitro platform for engineering and harnessing modular polyketide synthases. Nature Communications, 11(1), 1–7. https://doi.org/10.1038/s41467-019-13811-0

Membaca artikel ini setelah mengikuti kuliah langsung dari penulisnya Keatinge-Clay. Bagian menariknya adalah menanyakan apakah modul yang selama ini digunakan dalam PKS sudah optimum untuk engineering? Jawabannya menarik dan dari penjelasan selama presentasi, beberapa pertanyaan juga sudah saya tulis di note Mendeley

15-17 Februari 2020

Horie, A., Tomita, T., Saiki, A., Kono, H., Taka, H., Mineki, R., … Nishiyama, M. (2009). Discovery of proteinaceous N-modification in lysine biosynthesis of Thermus thermophilus. Nature Chemical Biology, 5(9), 673–679. https://doi.org/10.1038/nchembio.198

Hampir tiga hari ini membaca artikel ini. Membahas tentang bagaimana proses menemukan protein yang berperan dalam sintesis Lisin (lys, K) dengan menggunakan AAA. Penelitian yang disusun dengan sangat rapi, runut, mungkin gabungan lebih dari 5 penelitian untuk menemukan satu rangkaian biosintesis.

Hasebe, F., Matsuda, K., Shiraishi, T., Futamura, Y., Nakano, T., Tomita, T., … Nishiyama, M. (2016). Amino-group carrier-protein-mediated secondary metabolite biosynthesis in Streptomyces. Nature Chemical Biology, 12(11), 967–972. https://doi.org/10.1038/nchembio.2181

Baru membacanya satu kali, mengetahui fungsi LysW homolog, terutama E54 Cgamma adalah menjaga NH pada substrat agar tidak membentuk (1) siklik, (2) dikenali oleh protein lain sehingga reaksi berjalan satu arah. Teknisnya, masih belum paham sepenuhnya.

Ouchi, T., Tomita, T., Horie, A., Yoshida, A., Takahashi, K., Nishida, H., … Nishiyama, M. (2013). Lysine and arginine biosyntheses mediated by a common carrier protein in Sulfolobus. Nature Chemical Biology, 9(4), 277–283. https://doi.org/10.1038/nchembio.1200

Masih seputar LysW homolog, pada Archaea Sulfolobus, rupanya LysW homolog digunakan untuk produksi Arginin. Fungsinya seperti ArgJ dan ArgA pada bakteri lain. LysW sepertinya mekanisme yang tua.

20 Mei sd 1 April 2020

Sementara tidak bisa posting dulu. Akses internet sementara di suspend karena software belum support dengan standar lab. Akan saya share bila ada artikel yg bisa open access.

Analogi Menunggu dan Menyeberang Jembatan


Sehari cukup untuk merasakan sepenuhnya bagaimana khawatir. Khawatir yang dihasilkan atau dirasakan, umumnya merupakan respon atas “ketidakpastian”. Menariknya, apakah “ketidakpastian” itu?

Hari ini saya membaca ada yang mengatakan bahwa “ketidakpastian” adalah satu-satunya “kepastian”. Rasanya tidak tanpa alasan. Tapi, juga tidak seburuk yang kita takutkan.

Saya masih ingat momen ketika menunggu hasil seleksi program penelitian di NAIST. Setelah penantian panjang, hasilnya adalah saya tidak lolos. Merasa: gagal, bodoh, tidak layak, dan jatuh sangat keras. Selama berminggu-minggu (bahkan linu-nya sampai sekarang, lol).

Pengalaman itu mengajarkan pada saya: harapan selaras dengan kesakitan yang dirasakan.

Pada momen lain, saya menunggu hasil seleksi beasiswa MEXT. Setelah penantian panjang, saya dinyatakan lolos. Merasa: berhasil, pintar, layak, terbang. Tapi, hanya sebentar. Sekitar satu atau dua hari.

Pengalaman itu mengajarkan pada saya: harapan tidak selaras dengan kesenangan yang dirasakan.

Meletakkan keduanya pada satu piring, saya melihat bahwa harapan bisa membawa kesakitan berkepanjangan atau kesenangan sesaat. Lalu, bagaimana perasaan saat menunggu harapan itu terwujud atau tidak? ternyata setelah saya lihat catatan lama: sama.

Perasaan menunggu selalu sama: khawatir tidak terwujud, ketakutan tidak terjadi, khawatir kalau terwujud, ketakutan bila terjadi. Intinya khawatir dan takut. Terlepas dari hasilnya.

Menyadari hal ini, maka saya melihat perlu adanya tahapan. Tahapan itu terdiri atas: harapan, usaha, menunggu, dan hasil. Sayangnya, sering kali setelah berharap dan berusaha, tidak mau memasuki tahapan menunggu.

Menunggu sebagai bagian terpenting dari kedua bukit itu. Ia adalah jembatan yang harus dilewati. Bagaimana memilih langkah terbaik agar tidak jatuh ke jurang? itu yang harus ditanyakan.

Saat menunggu, banyak dari kita yang sudah jatuh ke jurang. Khawatir dan takut tanpa alasan, menghentikan usaha, mengalihkan isu, menggunjing, membuat kabar buruk, yang hasilnya “menjatuhkan” kita lebih dalam.

Ada juga yang saat menunggu tidak mau menyeberangi jembatan. Menunggu di tepian sambil mengharapkan tubuh berpindah sendiri ke seberang. Hasilnya juga sama: khawatir dan takut. Tidak jatuh, tapi mengguling-guling kesakitan.

Rupanya, tahapan terbaik adalah berjalan menyeberangi jembatan itu dengan hati-hati. Dua hati di sini disebutkan, tidak cukup hanya setengah hati. Sepenuh-penuh hati.

Maksudnya? Kenapa tidak menikmati angin sambil berpegangan pada tali. Kenapa tidak melihat pemandangan yang jauh. Kenapa tidak melihat dalamnya jurang dan betapa hati bergetar karena masih selamat dan melangkah lagi. Kenapa tidak memilih satu langkah ke depan dengan hati-hati sambil terus berpegangan pada tali?

Oleh karenanya, ada sebuah hal yang menarik di sini: tali keselamatan. Semenakutkan apapun, melangkah menjadi aman bila berpegangan pada tali keselamatan.

Masalahnya, apa tali itu? Tali ini menghubungkan usaha dan hasil. Tali ini mengamankan langkah menuju satu arah. Tali ini terikat kuat tanpa bisa dipengaruhi oleh kita. Tali ini di luar diri kita.

Bagi sebagian orang, tali ini adalah koneksi. Maka mereka menggunakan upaya politis untuk mewujudkan mimpinya. Hasilnya, bisa berhasil bisa tidak. Artinya, talinya rapuh dan dapat putus. sewaktu-waktu.

Bagi sebagian yang lain, tali ini adalah kerja keras. Hasilnya, tetap sama dengan yang di atas.

Bagi sebagian yang lain, tali ini adalah “membunuh waktu” dengan berbagai kegiatan. Hasilnya, sama seperti di atas.

Bagi saya, tali itu adalah takdir. Hasilnya, tetap sama dengan yang di atas.

Tali tidak harus menjadikan harapan saya terjadi. Namun, memegang tali takdir-Nya, menjadikan saya “merasa aman dan damai”. Bahwa takdir adalah tali-Nya yang terbaik bagi hidup saya.

Bila jatuh, maka itu terbaik, bila sampai itu yang terbaik, bila berhasil, maka itu yang terbaik, bila gagal, maka itu yang terbaik. Bila apapun… maka itu yang terbaik. Pokoknya, full untuk-Nya.

Bagaimana dengan tali yang lain? Tali yang lain pernah saya pegang. Tapi, semuanya tidak menghasilkan aman dan damai. Tetap khawatir dan takut.

Tahapan kesadaran dalam hidup dan salat


Khawatir, takut, malu, stres, memalukan, kemungkinan-kemungkinan, overthinking, syok, kegagalan, deg-degan adalah campuran perasaan yang saat ini ditulis ada di dalam hati. Selesai sudah semua usaha yang mungkin dapat dilakukan untuk memasuki program doktor The University of Tokyo. Baru saja, ujian terakhir diselenggarakan dan saya maju pertama untuk ujian lisan. Semua perasaan itu bisa dikatakan bercampur dan menjadi satu dalam satu waktu: kesadaran.

Kesadaran pertama yang muncul adalah kemungkinan-kemungkinan yang mungkin dihadapi. Kemungkinan rendahnya penilaian para profesor terhadap performa saya selama presentasi, kemungkinan tidak lolos seleksi masuk karena sensei-sensei yang hadir merasa tidak ter”yakin”kan dengan jawaban dan presentasi saya, kemungkinan selesainya beasiswa MEXT yang telah diperoleh karena tidak memiliki hak lagi, kemungkinan harus kembali ke Indonesia jika tidak lolos, dan kemungkinan-kemungkinan lain yang beratus jumlahnya.

Lantas, kemungkinan itu melompat pada kesadaran lain. Kesadaran atas apa yang sudah diusahakan selama ini. Satu semester belajar bahasa Jepang, satu semester mempersiapkan ujian masuk, sudah menyelesaikan ujian bahasa, ujian tulis, dan ujian lisan (masih segar). Kesadaran bahwa nikmat-Nya yang telah saya nikmati selama 11 bulan bersama beasiswa MEXT beserta pengalaman manis-pahitnya di negeri sakura, serta beberapa tanggungan yang masih ada di saya (tapi tidak bisa saya detailkan di sini).

Kesadaran kedua membawa saya pada kesadaran berikutnya yang jauh lebih positif. Bahwa berdasarkan analisis kasar yang sudah saya lakukan, mungkin saya lolos meskipun dengan nilai yang tidak memuaskan. Berikutnya, usaha yang telah saya lakukan telah optimal meskipun hasil selalu ditentukan oleh faktor eksternal sesuai dengan izin-Nya, tinggal bagaimana tetap menghargai diri sendiri (siapa lagi yang akan menghargai kita kalau bukan diri sendiri?). Juga kesadaran bahwa jawaban yang telah terucap cukup menjawab meskipun bahasa yang saya gunakan tidak terlalu lancar.

Ber’biru lagit’ dari lompatan-lompatan kesadaran itu, saya kembali terdiam. Pada saat terdiam, saya teringat urutan usaha: gerak pikir, gerak tubuh, permohonan ampunan, kesadaran, kesyukuran, menyadari kecilnya diri, permohonan terlindung dari niat buruk, memuji orang yang berperan baik, memuji-Nya, dan doa. Sebagaimana apa yang telah dilakukan selama sembahyang shalat: niat, shalat, istighfar, tasbih, tahmid, takbir, ta’awudz, solawat, asma’ul husna, doa, dan penutup.

Maka, kesadaran adalah pada bagian “tasbih”, Maha Suci Ia, dan saya adalah debu yang tak layak. Maka, berikutnya saya bersyukur karena mendapatkan nikmat-nikmat tak terhitung, meskipun dengan atau tanpa doa dan usaha. Nafas yang masih mengalir, darah yang masih terpompa, otak yang masih bekerja, jemari yang masih menari, serta perasaan yang masih terasa. Dengan demikian, apapun hasil dari usaha bukanlah hal yang layak saya banggakan atau takutkan. Hasbunallah wa ni’mal wakil. Hanya kepada-Mu yang Maha Suci kupasrahkan.

Lantas, menyadari begitu kecilnya debu ini, saya bertakbir, memohon perlindungan dari bisikan yang arogan, serta kembali mengingat perjuangan dan cinta Rasul atas kita, sebelum berdoa “Ya Rabb, apapun hasil yang kuperoleh, adalah yang terbaik bagiku menurut-Mu. Mudahkanlah, lancarkanlah, berkahilah seluruh upaya hamba yang tak murni dan berusaha hamba murnikan. Amin”.

Tokyo, 2020 (Usai Ujian Masuk)

Sekilas tentang belajar


Belajar memiliki beberapa bentuk dan ukuran. Setiap bentuk dan setiap ukuran memiliki kekhas-an masing-masing. Maksud saya, bentuk belajar yang abstrak, dan ukurannya yang juga abstrak menambah makna “belajar” menjadi sangat subjektif.

Pada beberapa kasus, menghafalkan materi dianggap belajar. Orang lain mengatakan memahaminya adalah belajar. Bagi yang lain, melakukan sesuatu, menyadari itu salah, lalu memperbaikinya adalah belajar. Belajar, dalam artian luas menjadi sangat luas. Seluas perspektif yang ada. Sebanyak jumlah kepala yang menafsirkannya.

Saya rasa, pikir, lihat, belajar memiliki banyak dimensi yang perlu direnungkan. Bila menghafal adalah belajar, maka mengulang-ulang kata lama adalah belajar. Stagnasi adalah hasilnya.

Bila memahami dianggap sebagai belajar, maka seseorang bisa jadi masuk ke rimba raya tanpa definisi. Sebab setiap definisi tidak hanya perlu di fahami, juga perlu dihafalkan. Ia akan tersesat dalam pemahaman yang tak dapat dikomunikasikan.

Bila melakukan kesalahan, menyadari, dan memperbaiki adalah belajar, maka seseorang yang melakukan satu pekerjaan terus menerus adalah belajar. Tak perlu definisi dan paham, hanya terus berkarya dan berkarya. Seperti pematung yang menghasilkan patung sama seperti aslinya, tanpa sesuatu yang baru.

Maka, saya mengambil definisi belajar yang berbeda (atau sama) dengan itu semua. Belajar adalah proses menghafal, memahami, membuat kesalahan, dan memperbaiki kesalahan itu. Menghafalkan definisi dan memahaminya, membuat “proyeksi” dan mencobanya, bila tidak tepat, maka memperbaiki kesalahan itu. Kesalahan bisa terletak pada definisi, pemahaman, atau proyeksi.

Senja di Chiba


di bawah ranting tanpa daun. Rerumputan kehilangan ranum. Baik dan buruk bergantian. Menanti musim mengirim hujan.

Bila hujan turun membasuh wajahmu. Orang-orang berlarian memisuh tanpa ilmu. Bergelantungan di bawah payung. yang diterbangkan beliung.

Apa yang tersisa bila telah usai. Selain sesal dan air mata terurai. Seperti sajak tua tak bernah di baca. Isi saku yang tak pernah jadi milikku.

Lantas, pada sebuah senja. Sakura kembali mekar di ujung ranting. Melupakan hidupku yang manja. Mantra dunia lagi bertukar di balik dinding. Ketik dan ketika mencari makna? Sedang hatiku, masih tinggal di bawah ranting yang kering.

Meninggalkan dan Dicintai


“Abandon the world, Allah loves you, abandon what people own, people love you. ” adalah hal yang saya renungkan hari ini. Salah satu hadist dari 40 hadist pilihan.

Meninggalkan dunia maka akan dicintai oleh-Nya. Meninggalkan yang dimiliki manusia, maka manusia akan mencintaimu. Seperti dua hal yang berbeda.

Meninggalkan dunia, bukan berarti menjadi antidunia. Sebagaimana perasaan cinta, meninggalkan adalah perasaan. Mungkin ini yang saya pahami meski entah benar atau salah. Sehingga, ketika melakukan apapun, tidak ada lagi perasaan yang “duniawi”. Melakukan apapun hanya untuk-Nya. Gandrung cinta sepanjang waktu pada-Nya.

Implementasinya jadi sangat panjang. Bernafas bukan karena saya butuh oksigen untuk sel tubuh, tetapi karena-Nya. Mensyukuri tiap nafas kepada-Nya. Menghembuskan nafas, hanya bagi-Nya. Makan, minum, bekerja, mencintai, berjalan, tidur, membaca, menulis, membantah, semua untuk-Nya.

Tak ayal, meninggalkan dunia akan menghasilkan cinta-Nya. Bahkan, semestinya sampai melakukan bukan untuk mendapatkan cinta-Nya. Tapi hanya upaya membuktikan kita mencintai-Nya. Entah, apakah demikian?

Lalu meninggalkan apa yang dimiliki orang lain berarti tidak mencuri, tidak iri, tidak menggosip, tidak bermuka masam, tidak curang, tidak berzina, tidak melirik, tidak sama sekali turut campur urusan manusia lain, maka dia akan dicintai.

Saya kira memang demikian. Sifat sifat seorang yang disukai adalah mereka yang tulus dan penuh optimisme, riang, jujur, aman, tak bermuka dua, dan semua itu adalah sifat meninggalkan milik orang lain.

Tulus artinya meninggalkan harapan untuk dibalas, optimis berarti meninggalkan kritik, riang berarti meninggalkan beban, jujur berarti meninggalkan kepentingan, semua adalah meninggalkan apa yang dimiliki oleh orang lain.

Sampai titik ini, pertanyaan demi pertanyaan terus muncul. Apakah ini berarti juga meninggalkan profesi untuk uang, dialihkan menjadi menjalani profesi untuk-Nya?

Kalau demikian, meninggalkan kecurangan di kelas juga punya makna yang sama. Semua kebaikan adalah meninggalkan dunia. Sedangkan keburukan adalah semua yang ditujukan untuk dunia? Atau dua duanya punya kebaikan, tapi salah satunya melahirkan kecintaan-Nya. Entahlah.